Para marcar un importe mínimo independiente del porcentaje que cargamos al usuario en una compra debemos acceder a:
MENÚ > AJUSTES > Sistemas de pago
Dentro de la ventana de sistemas de pago hacemos doble clic sobre el sistema de pago al que queremos aplicar este importe mínimo.

En el ejemplo de la imagen vemos cómo independientemente de que el valor de incremento de la compra sea del 3%, el importe mínimo será de 3€.
Así, con una compra de 10€ donde el incremento seria de 0.3€ aplicando el %, pasará a ser de 3€ al configurar el incremento mínimo.